Este estudio tuvo como objetivo investigar la validez práctica del método de ADN ambiental (eDNA) para evaluar la composición y diversidad de peces en diferentes hábitats. Evaluamos las características de composición y diversidad de peces en siete hábitats diferentes en el Área Especialmente Protegida del Archipiélago de Ma"an en abril de 2020. Los resultados mostraron que se detectaron un total de veintisiete especies de peces pertenecientes a seis órdenes, dieciocho familias y veintitrés géneros de Actinopterygii en las aguas marinas del Área Especialmente Protegida del Archipiélago de Ma"an. Las especies dominantes en cada hábitat fueron , , y . El área de cultivo de mejillones tuvo el mayor número de especies, con 19 especies de peces, mientras que la plataforma de descarga de carga a granel en alta mar tuvo el menor número de especies, con 12 especies de peces. El resto del hábitat no mostró diferencias significativas. Los resultados mostraron que el área de cultivo de mejillones tuvo el índice de diversidad más alto (valor promedio de 2.352 +/- 0.161), y la plataforma de descarga de carga a granel en alta mar tuvo el índice de diversidad más bajo (valor promedio de 1.865 +/- 0.127); los índices de diversidad del resto del hábitat no diferían significativamente. Una comparación con encuestas históricas mostró que la técnica de eDNA puede detectar especies no recolectadas por métodos tradicionales como redes de enmalle y arrastres. Nuestro estudio demuestra el papel de la tecnología eDNA en la obtención de diversidad de peces en diferentes hábitats y proporciona una base teórica para el monitoreo continuo y la gestión de la biodiversidad de peces en áreas protegidas.